Исчисление таможенных сборов производится по каждой индивидуальной накладной. 

Если общая таможенная стоимость товаров (как облагаемых, так и необлагаемых вывозной таможенной пошлиной) превышает эквивалент 200 евро, то возникает обязанность по уплате таможенных сборов. 

Ставки таможенных сборов установлены постановлением Правительства РФ от 26.03.2020 № 342. 

Таможенные сборы не подлежат уплате в отношении товаров, помещаемых под таможенную процедуру экспорта и не облагаемых вывозной таможенной пошлиной. 

Если по одной индивидуальной накладной (общая стоимость товаров по которой превышает 200 евро) экспортируются как облагаемые, так и необлагаемые вывозными таможенными пошлинами товары, то таможенные сборы уплачиваются только в отношении облагаемых пошлинами товаров. 

При этом в качестве базы для исчисления таможенных сборов используется таможенная стоимость и (или) количество товаров, облагаемых вывозными таможенными пошлинами, в зависимости от вида ставки пошлины.

Подробнее на официальном сайте ФТС России.